O Ensino Médio do Colégio São Francisco de Assis se caracteriza como a etapa de consolidação e aprofundamento dos conhecimentos que contribuem na formação integral do educando, visando o seu desenvolvimento humano, o que inclui sua formação ética, autonomia intelectual e pensamento crítico. Além de vincular os alunos ao mundo do trabalho e à prática  social objetivando contribuir para a aquisição dos três domínios da ação humana: vida  em sociedade, atividade produtiva e experiência subjetiva (fundamentando-se nos  aspectos estéticos, políticos, religiosos e éticos) e nos princípios pedagógicos:  identidade, diversidade, autonomia, interdisciplinaridade e contextualização. 

Para isso, oferecemos além de oferecermos um ensino de excelência, dispomos de salas de aula com equipamento audiovisual, laboratório de Ciências da Natureza, laboratório de informática, biblioteca, quadra poliesportiva, capela, dentre outros ambientes que proporcionam o desenvolvimento de aulas com metodologias ativas, aulas de contraturno (tira dúvidas e PAS/UEM); simulados de vestibulares; Língua estrangeira inglesa e espanhola, encontros de formação humana, atividades de campo interdisciplinar, encontro de evangelização anual; Seguro Escolar, acompanhamento pedagógico personalizado, dentre outras atividades científicas e culturais.